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公司新闻/正文
mIHC vs PCF——空间蛋白组学选哪个好？
2 人阅读发布时间：2026-01-28 11:25
多色免疫荧光（mIHC）和CODEX (PCF) ，两者都是空间蛋白组学技术，能在单张组织切片上实现多种蛋白标记物的表达和原位检测，从而揭示细胞表型、状态及空间互作关系。是肿瘤免疫、神经科学、发育生物学等领域探索复杂组织结构的“神兵”。那么，两大空间组学蛋白验证的利器有何异同，该如何在课题思路中选择呢？
核心比较
应用场景近举例——mIHC
文章题目：Multi-omics analysis reveals the chemoresistance mechanism of proliferating tissue-resident macrophages in PDAC via metabolic adaptation
发表期刊：Cell Reports
影响因子：7.5/Q1
mIHC技术在本文中，主要作用有：
1. 对目标细胞亚群进行定位展示。如：利用了人胰腺癌组织样本（n=139）制作成组织芯片，进行了6指标的检测，指标包括：CD68, CD11b, α-smooth muscle actin (αSMA), CD8, Collagen I, Ki-67。这些指标的选择依据是通过单细胞测序分析获得的与疾病特异性有关的或者说有研究价值的细胞亚群，分别是增殖性巨噬细胞 (CD68+Ki-67+)，炎症性巨噬细胞 (CD68+CD11b+), 增殖性成纤维细胞 (Ki-67+Collagen I+aSMA+)，以及CD8+ T 细胞。
2. 对关注亚群的数量比较以及空间验证。如：在小鼠模型处理后，对4种Ki-67+巨噬细胞进行区域的细胞数量比对，发现Ki-67+ 增殖性巨噬细胞 (F4/80+C1Q+) 数量远高于单核细胞来源的APCs (F4/80+TYROBP+), MARCO+巨噬细胞 (F4/80+MARCO+), 以及炎症性巨噬细胞 (F4/80+S100A8+)，从而进一步验证了单细胞测序的结果。
应用场景近举例——PCF
文章题目：Spatial single-cell protein landscape reveals vimentinhigh macrophages as immune-suppressive in the microenvironment of hepatocellular carcinoma
发表期刊：Nature Cancer
影响因子：23.5/Q1
PCF技术在本文中主要作用是：
绘制了HCC单细胞空间蛋白图谱，详细解析了HCC肿瘤间空间异质性，并建立了与预后相关的HCC空间分型。
首先，将401名HCC患者的肿瘤样本定制成组织芯片，再结合PCF技术进行了36种抗体染色，获得了4,347,731个细胞的高分辨率数据，定义了72个细胞表型以及40个细胞邻域关系。
其次，通过对这些细胞邻域进行非监督聚类分析，进一步定义了三种主要的微环境空间构成模式，使用这分类法可以更为准确地预测患者的预后。
技术选择小贴士
1. 目标驱动： 明确核心科学问题需要多少Marker？样本规模多大？
2. 资源评估： 预算？样本量多少？是否组织芯片更优化？
3. 灵活性需求： 个性化指标是否偏多？Panel库是否满足？
4. 深度与广度： 侧重少数关键靶标深入挖掘 (mIHC更灵活) vs 无侧重全景扫描 (CODEX更优)。
芯超-结肠癌组织芯片-mIHC全芯片扫描图
总结
mIHC是灵活、高性价比的“多面手”，适合靶标明确或者微环境初筛的研究。CODEX是超高重、高通量、自动化的“巨舰”，适合绘制大规模、精细化空间图谱。两者并非取代关系，而是根据研究目标进行空间数据互相补充的强大工具！
参考文献
1. Zhang J, Song J, Tang S, Zhao Y, Wang L, Luo Y, Tang J, Ji Y, Wang X, Li T, Zhang H, Shao W, Sheng J, Liang T, Bai X. Multi-omics analysis reveals the chemoresistance mechanism of proliferating tissue-resident macrophages in PDAC via metabolic adaptation. Cell Rep. 2023 Jun 27;42(6):112620. doi: 10.1016/j.celrep.2023.112620. Epub 2023 Jun 6. PMID: 37285267.
2. Qiu X, Zhou T, Li S, Wu J, Tang J, Ma G, Yang S, Hu J, Wang K, Shen S, Wang H, Chen L. Spatial single-cell protein landscape reveals vimentinhigh macrophages as immune-suppressive in the microenvironment of hepatocellular carcinoma. Nat Cancer. 2024 Oct;5(10):1557-1578. doi: 10.1038/s43018-024-00824-y. Epub 2024 Sep 26. PMID: 39327501.
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